Bermula dari sebuah daerah yang berpenghuni 6 orang yang salah satunya merupakan utusan dari kehutanan dari kerajaan Bangkalan, desa Labuhan menjadi salah satu wilayah pertama yang berpenghuni yang ada di kecamatan Sreseh selain desa Plazah, hal ini ditunjukkan dengan bahan bangunan (Pondasi) Masjib Jamik yang ada di kedua desa tersebut berasal alat-alat rumah tangga (diketahui saat dilakukan Renovasi pertama pada tahun yang tidak bisa di tentukan)


Menurut cerita legenda, penamaan desa Labuhan diambil dari cerita rakyat yang berasal dari wilayah tempat berlabuhnya seorang pangeran yang bernama "Santre Panjurit" ketika datang berlayar  untuk pulang menemui permaisurinya yang dikenal dengan "Dinajuh Patemon",  dan letak pelabuhan saat itu berada di pertengahan antara dusun Labuhan barat dengan Labuhan Tengah, yang sekarang dikenal dengan kampung Jorongan.


Desa Labuhan merupakan salah satu desa yang ada di kecamatan Sreseh yang awalnya di kenal dengan Kewedanan Torjoen, dan letak kantor kecamatan berada di Desa Sreseh


Baru pada tahun yang tidak bisa diingat, desa Labuhan memiliki kepala desa pertama yang bernama : BROJO LAUT dan selanjutnya digantikan oleh MAHMOED, pada kepemimpinan kedua masa beliau, belum ada ketentuan tentang masa jabatan, sehingga tidak ada batasan masa pemerintahan, selanjutnya kepala Desa Labuhan digantikan oleh MOH. TOHA, pada masa awal pemerintahan MOH. TOHA juga sama seperti Kepada desa lainnya, belum berlaku masa jabatan, baru pada tahun 1975 dilakukan pemilihan pertama  kepala desa yang dimenangkan oleh MOH. TOHA, selanjutnya pada tahun 2002 dllakukan pemilihan kepala desa untuk yang ketiga kalinya setelah sebelumnya MOH. TOHA menjadi kepal desa selama dua periode, setelah masa pemilihan kepala desa ketiga, akhirnya MOH. TOHA harus digantikan oleh NAKI pada tahun 2007 dilakukan pelihan kepala desa berikutnya dan beralih kepemimpinan desa pada proses pilkades etelah MOH. NAKI memimpin selama satu periode yaitu 6 tahun.


Selajutnya pada trahun 2007 dilakukan pemilihan kembali, dan kepala desa adalah H. ASYARI, H. ASYARI menjadi kepala desa selama 3,5 tahun karena dianggap melakukan pelanggaran adminitrasi sehingga harus dinberhentikan oleh Bupati Sampang yang saat itu dijabat oleh Bupati NOER TJAHJA,


Selanjutnya kepala desa di gantikan oleh H. ISMAIL sejak tahun 2012 sampai dengan tahun 2018, tahun 2018 sampai dengan 2019 dilanjutkan oleh Pejabat sementara (PJs) ABDUL GANI yang merupakan utusan dari kantor kecamatan, penunjukan PJs oleh Bupati merupakan tidak lanjut dari pelaksanaan Pilkades serentak yang akan dilaksanakan pada tahun 2019, PJs memerintah selama kurang lebih selama 19 bulan dan pada bulan Nopember 2019 dilaksanakan Pilkades serentak dan pada Pilkades tersebut dimenangkan oleh JAWAHIR, S.Pd.I dan sampai saat ini.